Нийслэлийн эрүүл мэндийн газар нь Монгол Улсын Засгийн газар, Нийслэлийн Засаг даргын мөрийн хөтөлбөр, нийгэм эдийн засгийн зорилтуудын хүрээнд үйл ажиллагаагаа чиглүүлэн явуулдаг Нийслэлийн Засаг даргын хэрэгжүүлэгч агентлаг юм. Харьяа 25 байгууллага, 136 өрхийн эрүүл мэндийн төв, хувийн хэвшлийн 1693 эмнэлэг, эмийн сангуудыг удирдлага, мэргэжил арга зүйгээр ханган ажиллаж байна.Нийслэлийн Засаг даргын энэ сарын 18-ны өдрийн ”Нийслэлийн эрүүл мэндийн газрын бүтэц, орон тооны хязгаарыг шинэчлэн батлах тухай” захирамжаар Нийслэлийн эрүүл мэндийн газрын бүтэц шинэчлэгдлээ.

Ингэснээр Нийслэлийн эрүүл мэндийн газар нь:

· Мэргэжлийн удирдлага, бодлогын хэрэгжилтийг зохицуулах хэлтэс

· Төлөвлөлт, санхүү хөрөнгө оруулалтын хэлтэс

· Статистик, хяналт шинжилгээний хэлтэс

· Захиргаа, нийтлэг үйлчилгээний хэлтэс гэсэн дөрвөн хэлтэстэй болов.